Mỗi học kỳ, Cơ sở II xếp thời khóa biểu thành 3 đợt, mỗi đợt 5 tuần cho các học phần ngành hoặc chuyên ngành. Riêng môn Ngoại ngữ vì thời lượng là 90 tiết nên mỗi học kỳ được xếp thành 2 đợt, mỗi đợt 10 tuần, giữa các đợt là một tuần dự trữ để cho sinh viên có thời gian ôn tập. Đối với những học phần mời giảng viên từ Hà Nội, để tạo điều kiện thuận lợi cho việc mời giảng thì các học phần này sẽ được xếp 5 tiết 1 buổi (3 tuần).